Maturoval v roce 1866 na evangelickém gymnasiu ve Vestfálsku a evangelickou theologii pak studoval v Berlíně, v Bonnu a ve Vídni.

Po návratu do Čech se Jan Karafiát věnoval především biblickým studiím, a kazatelské práci. Zabýval se filosofickým rozborem Kralické bible a později pořídil dokonce i její revidované vydání. Jan Karafiát také sestavil vlastní katechismus a vydal i svá kázání.

Duchovně i svým založením a kořeny patřil k neformálnímu evangelickému hnutí, jehož ideálem byla krásná církev Kristova.

Beletrii se Karafiát věnoval pouze okrajově a to především v počátcích své kněžské dráhy. Nicméně právě tímto druhem literatury se nejvíce proslavil. Patrně zpočátku ani netušil, že svým alegorickým líčením lidského světa v románu Broučci z roku 1876 bude jeho tvorba výrazně ovlivňovat mnoho následujících generací.

Do příběhu broučků Jan Karafiát vtělil nejen hlubokou křesťanskou pokoru vůči Božímu řádu, ale ukázal i na hodnoty vlastní právě křesťanství - na přičinlivost a užitečnost jedince až do konce jeho pozemského života.

A tento konec pozemské pouti evangelického pastora nastal právě před 96 roky. Rodák z Jimramova, biblista a spisovatel Jan Karafiát umírá 31. ledna roku 1929.